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生物數據分析技能2.0培訓

軟件安裝

表達譜差異數據挖掘
差異表達基因集（DEGs）分析策略。
GEO數據庫檢索及數據集在線分析。
利用GEO2R在線工具篩選獲得差異表達基因集，并獲得TCGA數據庫交集結果。

表達譜數據聚類分析
利用ArrayTools軟件（設置各項參數）處理GEO數據庫下載的表達譜數據。
表達譜數據聚類分析。
聚類圖形優化工具。

基因集功能富集分析
利用DAVID、Metascape在線工具進行基因集功能富集分析（GO MF、GO BP、GO CC；KEGG Pathway）。
繪制或下載基因集功能富集圖。
基因集韋恩圖分析。
基因集ID多元轉換。
基因集相互作用分析
利用String在線工具（設置各項參數）獲得基因集相互作用結果。
mRNA-miRNA、miRNA-lncRNA、miRNA-circRNA、mRNA-circRNA相互作用分析。

交互作用數據可視化
利用Cytoscape軟件進行基因注釋、分子間相互作用、基因集差異表達的可視化分析。
批量修改交互網絡的節點、邊、背景屬性。
利用Cytoscape App進行基因集交互網絡的GO富集分析、文本挖掘、關鍵/瓶頸基因及核心基因篩選。
高分辨率可視化結果的保存與輸出。

共表達數據層級解析
構建基因集差異共表達Pathway-mRNA-miRNA-lncRNA/circRNA調控網絡。
靶點基因序列分析策略。